Một học giả người Đài Loan là Giáo sư Trần Kinh Hòa (陳荆和, 1917-1995), chuyên nghiên cứu lịch sử Việt Nam và Hoa kiều, cho rằng, sách này được Phan Thúc Trực viết trong thời gian phụng lệnh Tự Đức đi thu thập văn thư Bắc Kỳ năm (1851). Tác giả Nguyễn Quang Thắng, trong quyển "Từ điển nhân vật lịch sử Việt Nam" thì cho rằng, sách được viết vào thời Thiệu Trị (1840-1847).

Theo học giả Trần Kinh Hòa, Quốc sử di biên còn một bản sao lưu giữ tại Viện Viễn Đông học ở Pháp, tựa đề là Dưỡng Hạo Hiên Đỉnh tập Quốc sử di biên - 養浩軒鼎輯國史遺編, bản này bị sứt mẻ và mất mát nhiều chỗ, không còn nguyên vẹn; năm 1960, Phòng nghiên cứu Đông Nam Á - Sở nghiên cứu Tân Á - Đại học Trung văn Hồng Kông từng mang đi hiệu đính và phát hành.

Viện Nghiên cứu Hán Nôm (Hà Nội) cũng có lưu trữ bản chép tay sách Quốc sử di biên, ký hiệu A.1045/1-2 (ở tờ bìa có ghi dòng chữ Dưỡng Hạo Hiên đỉnh tập Quốc sử di biên. Dưỡng Hạo Hiên được nhiều người cho là hiệu của Phan Thúc Trực). Đây vốn là sách của thư viện Viễn Đông Bác cổ Pháp sao chép lại đầu thế kỷ, không phải là nguyên cảo của tác giả, nhưng không rõ là đã sao chép từ nguồn nào.

Theo soạn giả Nguyễn Quang Thắng, hiện nay, ở Việt Nam chỉ còn bản vi ảnh trước đây tàng trữ tại Phủ Quốc vụ Khanh Đặc trách văn hoá Sài Gòn, ký hiệu A.1045, nay được lưu trữ tại Thư viện Khoa học Xã hội thành phố Hồ Chí Minh với ký hiệu Vv 1481 (Bản dịch Phủ QVK ĐTVH Sài Gòn, 1973).

Trên thực tế, có thể còn có các bản lưu giữ như:

• Một bản sao (không còn nguyên vẹn) lưu giữ tại Viện Viễn Đông học ở Pháp, có tựa đề là Dưỡng Hạo Hiên Đỉnh tập.
• Một bản in Quốc sử di biên do Ngô Tuấn Thăng ở Đại học Trung văn Hồng Kông in năm 1965 tại Hồng Kông (nay thuộc Trung Quốc). Bản này là bản đã được đánh máy lại bằng tiếng Trung Quốc, có nhiều sai sót, đặc biệt là những tên Nôm. Sau đó, Hồng Liên Lê Xuân Giáo đã dịch tập Thượng của bản in này và đã được Phủ Quốc vụ Khanh Đặc trách văn hoá Sài Gòn cho ấn hành năm 1973. Năm 2004, Nguyễn Tô Lan dựa vào bản A.1045/1-2 của Viện Nghiên cứu Hán Nôm dịch và giới thiệu tập Hạ.
• Một bản in do Đỗ Mộng Khương dịch, Hoa Bằng hiệu đính, Viện Sử học (Việt Nam) biên tập, nhà xuất bản Văn hóa Thông tin ấn hành năm 2009. Tuy nhiên, do bản dịch này dựa vào bản in tại Hồng Kông nên có nhiều chỗ khác biệt so với bản chép tay A.1045/1-2 của Viện Nghiên cứu Hán Nôm (Hà Nội).

Để có được một văn bản hoàn chỉnh hơn, năm 2006, Phòng Nghiên cứu văn bản Lịch sử-Địa lý thuộc Viện nghiên cứu Hán Nôm (Hà Nội) đã tổ chức việc khảo đính và biên dịch ra tiếng Việt bộ sách Quốc sử di biên. Công việc ban đầu do Tiến sĩ Đinh Khắc Thuân chủ trì, sau chuyển cho Tiến sĩ Nguyễn Thị Oanh đảm nhiệm. Tập Thượng là bản hiệu đính dựa trên bản dịch của Hồng Liên Lê Xuân Giáo, phần hiệu đính ban đầu do Nguyễn Thị Hường thực hiện, sau đó Nguyễn Thị Oanh có sửa chữa lại câu chữ cho phù hợp với văn phong hiện đại. Tập Trung được phân chia dịch thuật cho Nguyễn Thị Oanh, Nguyễn Thị Hường, Nguyễn Tô Lan. Tập Hạ sử dụng bản dịch của Nguyễn Tô Lan đã công bố trước đó. Toàn bộ bản dịch được Tiến sĩ Nguyễn Thị Oanh hiệu đính. Bản dịch này (gồm chung 3 tập là Thượng, Trung, Hạ) sau đó đã được nhà xuất bản Khoa học Xã hội (Hà Nội) ấn hành năm 2010.